Maarten den Bakker nasce ad Abbenbroek, in Olanda, il 26 gennaio 1969. Dopo le categorie giovanili approda tra i dilettanti mettendosi in mostra nel 1988 prendendo parte ai Giochi Olimpici di Seoul completando all’undicesimo posto la prova in linea vinta dal tedesco Olaf Ludwig. Nel 1989 conquista il titolo di campione nazionale olandese di categoria per poi accasarsi, nella stagione seguente, alla formazione professionistica della PDM-Concorde. L’olandese, al primo anno tra i pro è ventisettesimo al G.P. d’Isbergues, 39esimo alla Freccia Vallone e 81esimo al Giro di Lombardia.

Nel ’91 ottiene un quinto posto di tappa alla Tirreno-Adriatico ed il 50esimo all’Amstel Gold Race mentre nel ’92 è quinto di tappa alla Settimana Ciclistica Internazionale e prende parte per la prima volta al Tour de France completando la corsa al 93esimo posto finale.

Nel 1993 l’olandese conquista la vittoria nella quinta tappa del Tour de Luxembourg andando in fuga e tagliando il traguardo con 40 secondi di margine su Andrea Ferrigato, in classifica generale chiude al secondo posto alle spalle di Maximilian Sciandri. Ad agosto è secondo di tappa al Tour of Britain nella Cardiff-Swansea alle spalle del belga Serge Baguet e ad ottobre è undicesimo al Giro del Piemonte.

Nel ’94 conquista la vittoria nella Nationale Sluitingprijs – Putte-Kapellen davanti a Adri van der Poel e Servais Knaven, conquista una tappa al Tour de l’Avenir e alla Tour of Van Midden Zeeland ed è decimo al Giro di Lombardia; l’anno successivo conquista la vittoria del Daags na de Tour davanti ad Erik Zabel ed Erik Dekker ed è secondo al G.P. de Wallonie alle spalle di Andrea Chiurato.

Maarten den Bakker nel 1996 conquista la quinta ed ultima frazione della Vuelta a Andalucía da Cartaya a Granada superando in volata Vassili Davidenko e Brian Holm e si laurea campione nazionale olandese davanti a Bart Voskamp ed Erik Dekker. Nel ’97 Maarten ottiene la vittoria della Groot-Ammers, è secondo alla Ronde van Pijnacker e alla Freccia del Brabante alle spalle di Gianluca Pianegonda.

Nel 1998 passa alla Rabobank e al primo anno conquista la Amsterdam derny race ed è secondo all’Amstel Gold Race alle spalle di Rolf Järmann con cui aveva allungato nella diciannovesima tappa del Tour de France da La Chaux-de-Fonds a Autun alle spalle dello svedese Magnus Bäckstedt.

Nel 1999 è sesto in classifica generale alla Ronde van Nederland, conquista il titolo di campione nazionale in linea davanti al roccioso Servais Knaven ed è secondo alla Freccia Vallone alle spalle di Michele Bartoli mentre alla Liegi-Bastogne-Liegi chiude in terza posizione alle spalle di Frank Vandenbroucke e  Michael Boogerd. Ai Campionati del Mondo di Verona 1999 ottiene il miglior risultato in carriera nella rassegna iridata chiudendo al 19esimo posto nella prova in linea.

Dopo un tre stagioni abbastanza deludenti Maarten den Bakker torna finalmente al successo conquistando il titolo di campione olandese a cronometro davanti a Bart Voskamp e una tappa all’International Uniqa Classic mentre l’anno successivo è ottavo alla Kuurne-Bruxelles-Kuurne vinta dal connazionale  Steven de Jongh.

Al Giro d’Austria 2005 conquista la vittoria della terza tappa ed è quarto alla Schaal Sels Merksem prima di lasciare la Rabobank e accasarsi alla Milram per la stagione 2006. le due successive stagioni le corre con la Skil-Shimano con cui è terzo ai campionati olandesi 2007 alle spalle di Koos Moerenhout e Sebastian Langeveld.

Nel 2009 corre per la Van Vliet-EBH Elshof chiudendo la carriera professionistica per dedicarsi al ruolo di direttore sportivo.