Christian Pfannberger nasce a Judenburg, in Austria, il 9 dicembre 1979. Tra i cilettanti si mette in mostra conquistando il titolo di Campione del Mondo militati nel 1999 mentre l’anno successivo coglie un quarto posto nella sesta frazione della Thuringen-Rundfahrt ed è decimo al Raiffeisen G.P. Judendorf.

Nel 2001 l’austriaco conquista la vittoria all’Internationale Thüringen Rundfahrt, davanti agli olandesi Mart Louwers e Ronald Mutsaars, il G.P. ZTS Dubnica, il titolo di campione austriaco Under23 ed è nono ai Campionati del Mondo di Lisbona nella prova in linea U23. Le ottime prestazioni gli valgono la chiamata tra i professionisti per il 2002 da parte della squadra tedesca Team Nürnberger. Christian è secondo al Giro della Renania-Palatinato alle spalle del tedesco Ronny Scholz  ed è decimo al Raiffeisen G.P. Judendorf.

L’anno seguente l’austriaco si accasa alla Volksbank-Ideal cogliendo solamente un tredicesimo ed un diciassettesimo posto di tappa all’Osterreich Rundfahrt. Nel 2004 Pfannberger passa alla eD’System-ZVVZ, squadra della Repubblica Ceca con cui è ottavo al Porec Trophy 1 e decimo di tappa alla Course de la Paix. Pfannberger ottiene il secondo posto al campionato austriaco ma viene trovato positivo al testosterone venendo squalificato per due anni.

Nel 2006, scontata la sospensione, rientra a tra i pro con la ELK Haus-Simplon, con cui disputa il  Giro d’Austria, vincendo la Salisburgo–Kitzbüheler Horn completando la corsa al terzo posto della generale a 1:27 dall’americano Tom Danielson.

L’anno successivo vive la stagione migliore della carriera nonostante una brutta caduta alla Rund um den Henninger-Turm in cui riporta la frattura della clavicola e della mano. A luglio Christian Pfannberger conquista il titolo di campione nazionale in linea davanti a Markus Eibegger e Thomas Rohregger mentre ad agosto sfiora il successo alla Coppa Agostoni chiudendo secondo alle spalle di Alessandro Bertolini. Il 29 agosto, al Gran Premio Nobili Rubinetterie è terzo dietro ai colombiani Luis Laverdee Félix Cárdenas, al Giro d’Oro è terzo alle spalle di Dainius Kairelis e di Laverse e i Giro di Germania coglie il quindicesimo posto.

Per la stagione 2008 l’austriaco si accasa alla Barloworld e a marzo vince la prima tappa con arrivo a Wellington del Giro del Capo, in Sudafica, conquistando anche la vittoria finale con 1’41” su un giovane Chris Froome. Al via delle classiche del nord non sfigura, anzi, coglie il quinto posto alla Liegi-Bastogne-Liegia 40″ da Valverde, il sesto posto all’Amstel Gold Race a 14″ da Damiano Cunego ed il nono posto alla Freccia Vallonea 15″ dal lussemburghese Kim Kirchen. A maggio prende parte per la prima ed unica volta in carriera ad una grande corsa a tappe, il Giro d’Italia, senza completare la corsa mentre a giugno Christian Pfannberger conquista, per la seconda volta consecutiva, il titolo di campione nazionale in linea superando Hans-Peter Obwaller e Stefan Rucker. A settembre è al via dei Campionati del Mondo di ciclismo di Varese che vedono trionfare Alessandro Ballan, mentre l’austriaco chiude con un ottimo ottavo posto.

Nel 2009 passa alla squadra ProTour russa Katusha con cui ottiene il terzo posto di tappa alla Settimana Ciclistica Internazionale Coppi e Bartali sul traguardo di Serramazzoni superato dai soli Cunego e Cadel Evans. Ad aprile è quarto al G.P. Miguel Indurain dietro a David de la Fuente, Aleksandr Kolobnev e Fabian Wegmann ed è nono all’Amstel Gold Race vinta da Sergej Ivanov. Pronto per prendere il via del Giro d’Italia viene sospeso a vita dalla Federazione ciclistica austriaca per una seconda positività al doping.