Nel 2006 Salerno passa tra i professionisti tra le fila della Tenax-Salmilano di Fabio Bordonali con cui resta due stagione senza particolari acuti per poi vestire la maglia della  LPR Brakes. Nel 2009 Salerno è decimo al Trofeo Melinda, 19esimo al Giro del Veneto e settimo alla Tre Valli Varesine. L’anno successivo con la maglia della De Rosa è settimo al Giro della Provincia di Reggio Calabria, nono al Giro di Sardegna, quinto nella generale dell’International Presidency Turkey Tour ed è protagonista di un ottimo Giro del Giappone. Il ligure, infatti, al Tour of Japan conquista la vittoria nella seconda e nella quinta tappa e chiude la corsa al primo posto della generale davanti al kazako Andrey Mizurov.

Nel 2011 passa alla Liquigas-Cannondale e prede parte al suo primo Giro d’Italia a cui seguono altre due edizioni ed in tutti e tre i casi Salerno arriva sino a Milano. Alla Vuelta Ciclista a Catalunya 2013 Cristiano conquista la classifica scalatori davanti a Nairo Quintana. Nel 2015 passa a difendere i colori della Bora-Argon 18 con cui conclude la propria carriera professionistica su strada passando alla Mountain Bike con i colori della Scott Racing Team diretto da Mario Noris.

Nel 2020 Cristiano Salerno he deciso di dedicarsi all’atletica leggera con la  storica società sanremese Foce Sanremo ottenendo ottimi risultati