Marlon Pérez Arango nasce a Támesis, in Colombia, il 10 gennaio1976. Si avvicina al ciclismo praticando prevalentemente la pista e specializzandosi, su strada, nelle prove contro il tempo. Nel 1994 Marlon ottiene il titolo di campione del mondo juniors nella corsa a punti e nello stesso anno si aggiudica la vittoria nella Vuelta del Porvenir davanti a Juan Andrés García.

Nl ’97 il giovane colombiano si impone nel prologo della Vuelta al Casanare  e conquista la Clásica Ciudad de Girardot e l’anno successivo è primo alla Vuelta de la Juventud – Colombia davanati a Luis Orán Castañeda. Marlon Pérez nel 1999 corre con i colori della Empresas Públicas de Medellín conquistando il prologo del Clásico RCN, la terza tappa alla Vuelta Ciclista del Uruguay, la Vuelta al Valle del Cauca e, soprattutto, il titolo di campione nazionale colombiano a cronometro. Nella stessa stagione è medalgia d’oro nella corsa a punti e bronzo nell’inseguimento ai Giochi Panamericani

Nel 2000 Perez corre con la maglia della Aguardiente Antioqueño conquistando il Tour Nord-Isère mentre nel 2001 corre per la Linda McCartney Cycling Team e vince tre tappe alla Vuelta de Urabá vincendo anche la classifica finale, cinque tappe e la generale della Vuelta al Casanare, due tappe alla Vuelta a Antioquia, due frazioni della Vuelta a Colombia vestendo la maglia di leader della corsa e, soprattutto, il titolo colombiano a cronometro.