Soprannominato “El generós“, il generoso, per le sue doti di disponibilità a seguire i compiti di squadra, passa professionista nel 1995 con la Amaya Seguros concludendo al terzo posto nella classifica generale della Vuelta al País Vasco alle spalle di Tony Rominger e del messicano Raúl Alcalá, al settimo posto alla Vuelta a Aragón ed è secondo alla Klasika Primavera alle spalle di Federico Echave.

Alla Vuelta Ciclista a la Rioja 1992 Mikel Zarrabeitia Uranga conquista la vittoria nella seconda frazione con arrivo a Cruz de la Demanda e fa sua la classifica finale davanti ad Antonio Martín Velasco ed all’ucraino Viktor Klimov. Nel 1993, sempre con i colori della Amaya Seguros, è ottavo nella Subida al Naranco, dodicesimo in classifica generale alla Vuelta e conquista la vittoria a Basauri.

Il successivo è un anno importante per Mikel Zarrabeitia che, passato alla Banesto di Miguel Indurain, si mette particolarmente il luce alla Vuelta a España 1994 chiudendo secondo a 7’28” dall’inarrivabile Tony Rominger e davanti al compagno di squadra Pedro Delgado. Uno dei momenti migliori della carriera del basco coincide, però, con l’inizio dei sue problemi: viene operato alla schiena nella stagione seguente perdendo, di fatto, buona parte della stagione.

Nel 1996 Mikel passa alla ONCE e, nonostante le difficoltà fisiche, ottiene il decimo posto finale alla Vuelta a Burgos ed è quarto alla Subida al Naranco mentre l’anno successivo conquista il Trofeo Comunidad Foral de Navarra (poi denominato Gran Premio Miguel Induráin) davanti a Bingen Fernández, la Klasika Primavera davanti ai francesi Laurent Jalabert e  Stéphane Heulot. Mikel Zarrabeitia è anche secondo alla Vuelta a Aragón alle spalle di Aitor Garmendia e terzo alla Volta a Catalunya alle spalle di Fernando Escartín ed Ángel Casero.

Nel ’98 il basco è quinto alla Subida al Naranco e decimo alla Klasica Primavera mentre l’anno successivo è nono al GP di Zurigo

Mikel Zarrabeitia l’incidente alla Vuelta 2000

Mikel Zarrabeitia, posizionato al settimo posto in classifica generale alla Vuelta a España 2000,  durante l’undicesima tappa è vittima di un terribile infortunio nella discesa dal passo La Rabassa mentre sta manipolando il contachilometri della sua bicicletta. Subisce l’amputazione traumatica della falange dell’anulare della mano destra e una ferita da abrasione al quinto dito della stessa mano dovendosi ritirare dalla corsa

 Nel 2001 il basco ottiene la vittoria nella prima frazione della Euskal Bizikleta sull’arrivo di Urnieta, è terzo alla Vuelta a Murcia dietro ad Aitor Gonzalez e Pascual Llorente  e sfiora la vittoria nella seconda tappa della Vuelta a España quando sul traguardo di Guadalajara è secondo alle spalle di Guido Trenti. Nel 2002 Mikel Zarrabeitia vince la quarta frazione della Bicicletta Baska conquistando anche la classifica finale con 11 secondi di margine su Raimondas Rumšas.

 Nel 2003 il basco ottiene il secondo posto finale alla Parigi-Nizza a soli 43 secondi dal vincitore, il kazako  Aleksandr Vinokurov; al termine della stagione Zarrabeitia abbandona il ciclismo professionistico.