Nel 1991 prende parte ai Giochi Panamericani e nel 1992 conquista la vittoria della Japan Cup e si laurea campionessa nazionale canadese nella prova su strada davanti a Susan Palmer-Komar. L’anno successivo per la canadese arriva il titolo nazionale a cronometro e al Tour de la CEE conquista la vittoria nella prima frazione davanti alla russa Valentina Polkhanova completando la corsa al 23esimo posto finale.

Nel ’94 Clara Hughes conquista nove successi: vince la terza tappa all’Étoile des Vosges, la terza tappa del Masters Féminin, al Tour de l’Aude vince il prologo vestendo la maglia di leader della corsa e fa sua la cronometro individuale finale. La Hughes è protagonista all’International Challenge dove conquista la terza e la quinta frazione chiudendo al primo posto la classifica generale davanti alla canadese Anna Samplonius  e all’americana Karen Kurreck. La stagione 1994 della canadese è impreziosita dal successo nella prima tappa della  Grande Boucle Féminine Internationale e al campionato nazionale canadese a cronometro davanti ad Anne Samplonius. Ai Campionati del Mondo 1994 di Catania è quarta dietro a Karen Kurreck, Anne Samplonius e Jeannie Longo.

Clara Hughes argento mondiale 1995

Nel 1995 Clara vince la prima tappa a cronometro del Tour de l’Aude e l’undicesima frazione sempre a cronometro. La Hughes vince la Liberty Classic a Filadelfia davanti a Jeannie Golay e Jacqueline Nelson. Ai Giochi Panamericani di Mar del Plata 1995 è argento nelle prova in linea e bronzo nella cronometro mentre ai Campionati del Mondo 1995 in Colombia è seconda nella cronometro individuale a 1’11” dalla Longo conquistando la medaglia d’argento e trentesima nella prova in linea.

Nel 1996 Clara Hughes conquista due tappe dell’International Challenge e una al Tour de Toona e viene schierata al via del Giochi Olimpici di Atlanta 1996. Nella rassegna a cinque cerchi la Hughes conquista la medaglia di bronzo nella cronometro alle spalle di Jeannie Longo e Imelda Chiappa e nella prova in linea alle spalle di Zul’fija Zabirova e della Longo.

Nel ’98 la canadese conquista vince due tappe alla Redlands Bicycle Classic, una frazione al Tour of Willamette, una al Tour de Snowy1 e due tappe alla Sea Otter Classic vincendo anche la classifica finale. L’anno seguente Clara entra a far parte della formazione Saturn Cycling Team vincendo una tappa del Grand Prix du Canada e una della Flèche Gasconne e facendo suo il titolo nazionale a cronometro davanti a Anne Samplonius e quello in linea davanti a Lyne Bessette.

Nel 2000 la canadese si conferma campionessa nazionale a cronometro battendo Geneviève Jeanson e vince la quinta tappa del Redlands Bicycle Classic e la decima del Tour de l’Aude. Ai Giochi Olimpici di Sydney 2000 chiude al 43esimo posto nella prova in linea. e nella stagione 2000/2001 Hughes torna a gareggiare nel pattinaggio di velocità, partecipando ai campionati mondiali di Salt Lake City riducendo il proprio impegno in bicicletta. Nel 2002 conquista comunque la medaglia d’oro ai Giochi del Commonwealth, nella prova a cronometro e l’anno seguente, ai Giochi Panamericani di Santo Domingo conquista il bronzo nell’inseguimento individuale e l’argento nella cronometri.

Clara Hughes torna nel ciclismo

Dopo aver abbandonato il ciclismo, nel novembre 2010, ha annunciato il suo ritorno con l’obiettivo delle Olimpiadi di Londra 2012. Nel 2011 a maggio vince due tappe e la classifica finale del Tour of the Gila davanti all’americana Mara Abbott ed ai Campionati panamericani conquista l’oro nella cronometro e nella proava in linea.

Nel 2012 corre per il Team Specialized-Lululemon e  viene  selezionata per entrare a far parte della squadra canadese per i Giochi Olimpici di Londra 2012 , a dodici anni dall’ultima partecipazione a Sydney, classificandosi  32esima nella corsa su strada ed è arrivata quinta nella cronometro su strada a 54″ dall’americana Kristin Armstrong.